vcftools(1) on Linux
The text 4a7d3a492fe7, as Debian 9 (Stretch) shipped it.
Utilities for the variant call format (VCF) and binary variant call format (BCF)
Flags it lists
-
--012 -
--BEAGLE-GL -
--BEAGLE-PL -
--FILTER-summary -
--IMPUTE -
--LROH -
--SNPdensity -
--TajimaD -
--TsTv -
--TsTv-by-count -
--TsTv-by-qual -
--TsTv-summary -
--bcf -
--bed -
--chr -
--chrom-map -
--contigs -
--counts -
--counts2 -
--depth -
--derived -
--diff -
--diff-bcf -
--diff-discordance-matrix -
--diff-indv -
--diff-indv-discordance -
--diff-indv-map -
--diff-site -
--diff-site-discordance -
--diff-switch-error -
--exclude -
--exclude-bed -
--exclude-positions -
--exclude-positions-overlap -
--extract-FORMAT-info -
--freq -
--freq2 -
--from-bp -
--fst-window-size -
--fst-window-step -
--geno-chisq -
--geno-depth -
--geno-r2 -
--get-INFO -
--gzdiff -
--gzvcf -
--hap-r2 -
--hardy -
--het -
--hist-indel-len -
--hwe -
--indv -
--indv-freq-burden -
--interchrom-geno-r2 -
--interchrom-hap-r2 -
--invert-mask -
--keep -
--keep-INFO -
--keep-filtered -
--keep-only-indels -
--kept-sites -
--ld-window -
--ld-window-bp -
--ld-window-bp-min -
--ld-window-min -
--ldhat -
--ldhat-geno -
--mac -
--maf -
--mask -
--mask-min -
--max-alleles -
--max-indv -
--max-mac -
--max-maf -
--max-meanDP -
--max-missing -
--max-missing-count -
--max-non-ref-ac-any -
--max-non-ref-af-any -
--maxDP -
--min-alleles -
--min-meanDP -
--min-r2 -
--minDP -
--minGQ -
--minQ -
--missing-indv -
--missing-site -
--non-ref-ac-any -
--non-ref-af-any -
--not-chr -
--out -
--phased -
--plink -
--plink-tped -
--positions -
--positions-overlap -
--recode -
--recode-INFO -
--recode-INFO-all -
--recode-bcf -
--relatedness -
--relatedness2 -
--remove -
--remove-INFO -
--remove-filtered -
--remove-filtered-all -
--remove-filtered-geno -
--remove-filtered-geno-all -
--remove-indels -
--remove-indv -
--removed-sites -
--singletons -
--site-depth -
--site-mean-depth -
--site-pi -
--site-quality -
--snp -
--snps -
--stdout -
--temp -
--thin -
--to-bp -
--vcf -
--weir-fst-pop -
--window-pi -
--window-pi-step -
-c