uchime(1) on Linux
The text 56b3446cc12a, as Debian 8 (Jessie) shipped it.
reads a fasta file and reference file and outputs potentially chimeric sequences
Flags it lists
-
--abskew -
--absort -
--abx -
--allpairs -
--alpha -
--band -
--blast6out -
--blastout -
--bump -
--cc -
--chain_evalue -
--chain_targetfract -
--chainhits -
--chainout -
--chunks -
--clstr2uc -
--clump -
--clump2fasta -
--clumpfasta -
--clumpout -
--cluster -
--compilerinfo -
--computekl -
--db -
--dbstep -
--derep -
--diffchar -
--dn -
--doug -
--droppct -
--evalue -
--evalue_g -
--exact -
--fastapairs -
--fastq2fasta -
--findorfs -
--frame -
--fspenalty -
--gapext -
--gapopen -
--getseqs -
--global -
--hash -
--hashsize -
--help -
--hireout -
--hspalpha -
--id -
--idchar -
--iddef -
--idprefix -
--ids -
--idsmoothwindow -
--idsuffix -
--indexstats -
--input -
--k -
--ka_dbsize -
--ka_gapped_k -
--ka_gapped_lambda -
--ka_ungapped_k -
--ka_ungapped_lambda -
--labels -
--lext -
--local -
--log -
--logopts -
--lopen -
--makeindex -
--match -
--matrix -
--max2 -
--maxaccepts -
--maxclump -
--maxlen -
--maxovd -
--maxp -
--maxpoly -
--maxqgap -
--maxrejects -
--maxspan1 -
--maxspan2 -
--maxtargets -
--maxtgap -
--mcc -
--mergeclumps -
--mergesort -
--minchunk -
--mincodons -
--mindiffs -
--mindiv -
--minh -
--minhsp -
--minlen -
--minorfcov -
--minspanratio1 -
--minspanratio2 -
--mismatch -
--mkctest -
--optimal -
--orfstyle -
--otusort -
--output -
--probmx -
--query -
--queryfract -
--querylen -
--quiet -
--randseed -
--realign -
--rowlen -
--secs -
--seeds -
--seedsout -
--seedt1 -
--seedt2 -
--self -
--simcl -
--sort -
--sortuc -
--sparsedist -
--sparsedistparams -
--split -
--sspenalty -
--staralign -
--stepwords -
--strand -
--targetfract -
--targetlen -
--tmpdir -
--tracestate -
--uc -
--uc2clstr -
--uc2fasta -
--uc2fastax -
--uchime -
--uchimealns -
--uchimeout -
--uhire -
--ungapped -
--userfields -
--userout -
--usersort -
--uslink -
--utax -
--version -
--w -
--weak_evalue -
--weak_id -
--xa -
--xdrop_g -
--xdrop_nw -
--xdrop_u -
--xdrop_ug -
--xframe -
--xlat -
--xn