samtools(1) on Linux
The text 9703f609fdba, as Debian 9 (Stretch) shipped it.
Utilities for the Sequence Alignment/Map (SAM) format
Flags it lists
-
--BCF -
--GC-depth -
--VCF -
--count-orphans -
--coverage -
--filtering-flag -
--help -
--id -
--ignore-RG -
--ignore-overlaps -
--illumina1.3+ -
--in-place -
--insert-size -
--most-inserts -
--no-BAQ -
--no-PG -
--no-header -
--output -
--output-BP -
--output-MQ -
--per-sample-mF -
--read-length -
--redo-BAQ -
--ref-seq -
--remove-dups -
--required-flag -
--skip-indels -
--sparse -
--split -
--split-prefix -
--target-regions -
--trim-quality -
--uncompressed -
--version -
--version-only -
-0 -
-1 -
-2 -
-6 -
-? -
-@ -
-A -
-B -
-C -
-D -
-E -
-F -
-H -
-I -
-L -
-O -
-P -
-Q -
-R -
-S -
-T -
-U -
-V -
-a -
-b -
-c -
-d -
-e -
-f -
-g -
-h -
-i -
-l -
-m -
-n -
-o -
-p -
-q -
-r -
-s -
-t -
-u -
-v -
-x