samtools-view(1) on Linux
The text 809d0d65e090, as Debian 12 (Bookworm) shipped it.
views and converts SAM/BAM/CRAM files
Flags it lists
-
--add-flags -
--bam -
--count -
--cram -
--customized-index -
--excl-flags -
--exclude-flags -
--expr -
--fai-reference -
--fast -
--fetch-pairs -
--header-only -
--help -
--keep-tag -
--library -
--min-MQ -
--min-qlen -
--no-PG -
--no-header -
--output -
--output-unselected -
--qname-file -
--read-group -
--read-group-file -
--reference -
--region-file -
--regions-file -
--remove-B -
--remove-flags -
--remove-tag -
--require-flags -
--subsample -
--subsample-seed -
--tag -
--tag-file -
--target-file -
--targets-file -
--threads -
--uncompressed -
--unmap -
--unoutput -
--use-index -
--with-header -
-1 -
-? -
-@ -
-B -
-C -
-D -
-F -
-G -
-H -
-L -
-M -
-N -
-P -
-R -
-S -
-T -
-U -
-X -
-b -
-c -
-d -
-e -
-f -
-h -
-l -
-m -
-o -
-p -
-q -
-r -
-s -
-t -
-u -
-x