samtools-consensus(1) on Linux
The text 2b26323aabdd, as Debian 12 (Bookworm) shipped it.
produces produce a consensus FASTA/FASTQ/PILEUP
Flags it lists
-
--NM-halo -
--P-het -
--adj-MQ -
--ambig -
--call-fract -
--cutoff -
--excl-flags -
--ff -
--format -
--het-fract -
--high-MQ -
--incl-flags -
--line-len -
--low-MQ -
--min-MQ -
--min-depth -
--mode -
--no-adj-MQ -
--no-use-MQ -
--output -
--region -
--rf -
--scale-MQ -
--use-MQ -
--use-qual -
-5 -
-A -
-C -
-H -
-a -
-c -
-d -
-f -
-l -
-m -
-o -
-q -
-r