plink1.9(1) on Linux
The text 352b471470ea, as Debian 10 (Buster) shipped it.
whole genome SNP analysis
Flags it lists
-
--1 -
--R-host -
--R-socket -
--all-pheno -
--allele-count -
--allow-extra-chr -
--allow-no-sex -
--autosome -
--autosome-num -
--autosome-xy -
--blocks-inform-frac -
--blocks-max-kb -
--blocks-min-maf -
--blocks-strong-highci -
--blocks-strong-lowci -
--border -
--cell -
--chr -
--ci -
--clump-allow-overlap -
--clump-best -
--clump-field -
--clump-index-first -
--clump-kb -
--clump-r2 -
--clump-range -
--clump-replicate -
--clump-snp-field -
--clump-verbose -
--complement-sets -
--const-fid -
--covar-name -
--covar-number -
--d -
--data -
--debug -
--distance-wts -
--double-id -
--exclude-snps -
--family -
--file -
--filter-cases -
--filter-controls -
--filter-females -
--filter-founders -
--filter-males -
--flip -
--flip-subset -
--from-bp -
--from-kb -
--gap -
--gene-all -
--gene-list-border -
--gene-subset -
--geno -
--gplink -
--grm-gz -
--hard-call-threshold -
--ibm -
--id-delim -
--keep -
--keep-allele-order -
--keep-autoconv -
--keep-cluster-names -
--keep-clusters -
--lambda -
--ld-snp-list -
--ld-xchr -
--lgen -
--list-all -
--mac -
--maf -
--maf-succ -
--make-set -
--make-set-border -
--make-set-collapse-group -
--max -
--max-mac -
--max-maf -
--memory -
--mendel-duos -
--mendel-multigen -
--merge-equal-pos -
--merge-mode -
--merge-x -
--meta-analysis-a1-field -
--meta-analysis-a2-field -
--meta-analysis-ess-field -
--meta-analysis-p-field -
--meta-analysis-report-dups -
--mfilter -
--min -
--mind -
--mperm-save -
--mpheno -
--must-have-sex -
--mwithin -
--no-const-covar -
--no-fid -
--no-parents -
--no-pheno -
--no-sex -
--nonfounders -
--not-chr -
--out -
--parameters -
--pca-clusters -
--pfilter -
--pheno -
--pheno-merge -
--pool-size -
--ppc -
--ppc-gap -
--prune -
--qt -
--real-ref-alleles -
--remove -
--remove-clusters -
--remove-fam -
--rerun -
--seed -
--set -
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--subset -
--tag-kb -
--tag-mode2 -
--tag-r2 -
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--thin -
--thin-indiv -
--thin-indiv-count -
--threads -
--to -
--to-bp -
--to-kb -
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--tped -
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--update-cm -
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--vcf-filter -
--vcf-half-call -
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--vcf-min-gq -
--vcf-min-qual -
--vcf-require-gt -
--version -
--window -
--zero-cms -
->