pdb2pqr(1) on Linux
The text ba880d721a10, as Debian 12 (Bookworm) shipped it.
manual page for pdb2pqr30 3.5.2+dfsg
Flags it lists
-
--alignment -
--apbs-input -
--assign-only -
--chain -
--clean -
--display-coupled-residues -
--drop-water -
--ff -
--ffout -
--file -
--help -
--include-header -
--keep-chain -
--keep-protons -
--ligand -
--log-level -
--mutation -
--mutator -
--mutator-option -
--neutralc -
--neutraln -
--nodebump -
--noopt -
--pH -
--parameters -
--pdb-output -
--protonate-all -
--quiet -
--reference -
--reuse-ligand-mol2-files -
--thermophile -
--titrate_only -
--titration-state-method -
--userff -
--usernames -
--version -
--whitespace -
--with-ph -
-a -
-c -
-d -
-f -
-h -
-i -
-k -
-l -
-m -
-o -
-p -
-q -
-r -
-t