mafft(1) on Linux
The text d1053c526402, as Debian 7 (Wheezy) shipped it.
Flags it lists
-
--6merpair -
--LEXP -
--LOP -
--aamatrix -
--amino -
--auto -
--bl -
--clustalout -
--dpparttree -
--ep -
--fastapair -
--fastaparttree -
--fft -
--fmodel -
--genafpair -
--globalpair -
--groupsize -
--inputorder -
--jtt -
--lep -
--lexp -
--localpair -
--lop -
--maxiterate -
--memsave -
--nofft -
--noscore -
--nuc -
--op -
--partsize -
--parttree -
--quiet -
--reorder -
--retree -
--tm -
--treeout -
--weighti