mafft(1) on Linux
The text 5b38a269a198, as Debian 5.0 (Lenny) shipped it.
Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences
Flags it lists
-
--6merpair -
--LEXP -
--LOP -
--aamatrix -
--algq -
--amino -
--auto -
--bl -
--blastpair -
--clustalout -
--core -
--coreext -
--corethr -
--corewin -
--dpparttree -
--ep -
--fastapair -
--fastaparttree -
--fastswpair -
--fft -
--fmodel -
--genafpair -
--globalpair -
--groupsize -
--inputorder -
--jtt -
--lep -
--lexp -
--localpair -
--lop -
--maxiterate -
--memsave -
--nofft -
--noscore -
--nuc -
--op -
--partsize -
--parttree -
--quiet -
--reorder -
--retree -
--seed -
--tm -
--treeout -
--weighti