last-dotplot(1) on Linux
The text 3de73d9e0111, as Debian 11 (Bullseye) shipped it.
make a dotplot, a.k.a. Oxford Grid, of alignments in LAST tabular format
Flags it lists
-
--alignments -
--bed1 -
--bed2 -
--border-color -
--border-pixels -
--bridged-color -
--cds-color -
--exon-color -
--fontfile -
--fontsize -
--forwardcolor -
--gap1 -
--gap2 -
--genePred1 -
--genePred2 -
--height -
--help -
--join -
--labels1 -
--labels2 -
--margin-color -
--max-gap1 -
--max-gap2 -
--maxseqs -
--pad -
--reversecolor -
--rmsk1 -
--rmsk2 -
--rot1 -
--rot2 -
--seq1 -
--seq2 -
--sort1 -
--sort2 -
--strands1 -
--strands2 -
--unbridged-color -
--verbose -
--width -
-1 -
-2 -
-c -
-f -
-h -
-j -
-m -
-r -
-s -
-v -
-x -
-y