iqtree2(1) on Linux
The text 47e24bebefba, as Debian 12 (Bookworm) shipped it.
efficient phylogenetic software by maximum likelihood
Flags it lists
-
--abayes -
--allnni -
--alpha-min -
--alrt -
--ancestral -
--asr-min -
--bcon -
--bcor -
--beps -
--bnni -
--bonly -
--boot -
--boot-trees -
--cf-quartet -
--cf-verbose -
--cmax -
--cmin -
--cptime -
--df-tree -
--epsilon -
--fast -
--freq-max -
--gamma-median -
--gcf -
--help -
--jack -
--jack-prop -
--lbp -
--lmap -
--lmclust -
--madd -
--mdef -
--mem -
--merge -
--merge-model -
--merge-rate -
--merit -
--mfreq -
--mix-opt -
--mlrate -
--modelomatic -
--mrate -
--mset -
--msub -
--mtree -
--nbest -
--ninit -
--nmax -
--nstep -
--nstop -
--ntop -
--perturb -
--polytomy -
--prefix -
--quartetlh -
--quiet -
--radius -
--rate -
--rcluster -
--rcluster-max -
--rclusterf -
--redo -
--redo-tree -
--runs -
--safe -
--sampling -
--scf -
--seed -
--seqtype -
--show-lh -
--site-freq -
--sitelh -
--subsample -
--symtest -
--symtest-keep-zero -
--symtest-only -
--symtest-pval -
--symtest-remove-bad -
--symtest-remove-good -
--symtest-type -
--tbe -
--terrace -
--test -
--test-au -
--test-weight -
--threads-max -
--tree-fix -
--tree-freq -
--treels -
--trees -
--ufboot -
--ufjack -
--undo -
--verbose -
--version -
--wbtl -
-B -
-J -
-Q -
-S -
-T -
-V -
-b -
-fconst -
-g -
-h -
-j -
-m -
-n -
-o -
-p -
-q -
-s -
-t -
-v