hisat2-build-l(1) on Linux

Flags it lists

• --bmax
• --bmaxdivn
• --dcv
• --exon
• --haplotype
• --localftabchars
• --localoffrate
• --nodc
• --repeat-haplotype
• --repeat-info
• --repeat-ref
• --repeat-snp
• --seed
• --snp
• --ss
• --usage
• --version
• -c
• -p