gsnap(1) on Linux
The text 28d696f8dede, as Debian 12 (Bookworm) shipped it.
Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program
Flags it lists
-
--10x-well-position -
--10x-whitelist -
--action-if-cigar-error -
--adapter-strip -
--add-paired-nomappers -
--allow-pe-name-mismatch -
--ambig-splice-noclip -
--antistranded-penalty -
--append-output -
--atoidir -
--barcode-length -
--batch -
--bunzip2 -
--check -
--clip-overlap -
--cmetdir -
--db -
--dir -
--distant-splice-endlength -
--distant-splice-identity -
--distant-splice-penalty -
--endtrim-length -
--extend-soft-clips -
--failed-input -
--failsonly -
--fastq-id-end -
--fastq-id-start -
--filter-chastity -
--filter-within-trims -
--find-dna-chimeras -
--force-single-end -
--force-xs-dir -
--format -
--fusion-sensitivity -
--genome-unk-mismatch -
--gunzip -
--help -
--indel-endlength -
--indel-penalty -
--input-buffer-size -
--interleaved -
--kmer -
--local-splice-penalty -
--localsplicedist -
--max-anchors -
--max-end-deletions -
--max-end-insertions -
--max-middle-deletions -
--max-middle-insertions -
--max-mismatches -
--max-ref-mismatches -
--md-lowercase-snp -
--merge-distant-samechr -
--merge-overlap -
--min-coverage -
--mode -
--no-sam-headers -
--nofails -
--novelend-splicedist -
--novelsplicing -
--npaths -
--nthreads -
--omit-concordant-mult -
--omit-concordant-uniq -
--omit-softclipped -
--only-concordant -
--order-among-best -
--ordered -
--orientation -
--output-buffer-size -
--output-file -
--pairdev -
--paired-flag-means-concordant -
--pairexpect -
--pairmax-dna -
--pairmax-rna -
--part -
--preload-shared-memory -
--print-snps -
--quality-print-shift -
--quality-protocol -
--quality-zero-score -
--query-unk-mismatch -
--quiet-if-excessive -
--read-group-id -
--read-group-library -
--read-group-name -
--read-group-platform -
--sam-extended-cigar -
--sam-hardclip-use-S -
--sam-headers-batch -
--sam-multiple-primaries -
--sam-sparse-secondaries -
--sam-use-0M -
--sampling -
--shortend-splice-endlength -
--show-refdiff -
--snpsdir -
--splicingdir -
--split-output -
--suboptimal-levels -
--transcriptdb -
--transcriptdir -
--trim-indel-score -
--unload-shared-memory -
--use-localdb -
--use-mask -
--use-shared-memory -
--use-snps -
--use-splicing -
--use-transcriptome-only -
--version -
-A -
-B -
-C -
-D -
-J -
-M -
-N -
-O -
-Q -
-V -
-Y -
-Z -
-a -
-c -
-d -
-e -
-i -
-j -
-k -
-m -
-n -
-o -
-q -
-s -
-t -
-v -
-w -
-y -
-z