gmap(1) on Linux
The text be9d94efb020, as Debian 12 (Bookworm) shipped it.
Genomic Mapping and Alignment Program
Flags it lists
-
--action-if-cigar-error -
--align -
--allow-close-indels -
--alt-start-codons -
--append-output -
--atoidir -
--batch -
--canonical-mode -
--cdsstart -
--check -
--chimera-margin -
--chimera-overlap -
--chrsubset -
--cmdline -
--cmetdir -
--continuous -
--continuous-by-exon -
--cross-species -
--db -
--dir -
--direction -
--end-trimming-score -
--exons -
--failed-input -
--failsonly -
--flanking -
--force-xs-dir -
--format -
--fulllength -
--gff3-add-separators -
--gff3-cds -
--gff3-fasta-annotation -
--gff3-swap-phase -
--gseg -
--help -
--indel-extend -
--indel-open -
--input-buffer-size -
--introngap -
--invertmode -
--kmer -
--localsplicedist -
--map -
--mapboth -
--mapdir -
--mapexons -
--max-deletionlength -
--max-intronlength-ends -
--max-intronlength-middle -
--md-lowercase-snp -
--md5 -
--microexon-spliceprob -
--min-identity -
--min-intronlength -
--min-trimmed-coverage -
--mode -
--no-chimeras -
--no-sam-headers -
--nofails -
--nolengths -
--nomargin -
--nosplicing -
--npaths -
--nthreads -
--ordered -
--output-buffer-size -
--pairalign -
--part -
--print-comment -
--protein_dna -
--protein_gen -
--prunelevel -
--quality-print-shift -
--quality-protocol -
--read-group-id -
--read-group-library -
--read-group-name -
--read-group-platform -
--sam-extended-cigar -
--sam-flipped -
--sam-use-0M -
--sampling -
--selfalign -
--snpsdir -
--split-large-introns -
--split-output -
--strand -
--suboptimal-score -
--summary -
--tolerant -
--totallength -
--translation-code -
--trim-end-exons -
--truncate -
--use-shared-memory -
--use-snps -
--version -
--wraplength -
-1 -
-2 -
-3 -
-4 -
-5 -
-A -
-B -
-D -
-E -
-F -
-I -
-L -
-M -
-O -
-P -
-Q -
-S -
-T -
-V -
-Y -
-a -
-b -
-c -
-d -
-e -
-f -
-g -
-i -
-j -
-k -
-l -
-m -
-n -
-o -
-p -
-q -
-t -
-u -
-v -
-w -
-x -
-z