findknownsnps(1) on Linux
The text c2512a0770de, as Debian 11 (Bullseye) shipped it.
main executable for snpomatic
Flags it lists
-
--binmask -
--bins -
--chop -
--chromosome -
--cigar -
--coverage -
--faceaway -
--fasta -
--fastq -
--fastq2 -
--foum -
--fragment -
--fragmentplot -
--genome -
--gff -
--gffout -
--indelplot -
--index -
--index1 -
--index2 -
--index_from -
--index_to -
--inversions -
--memory_save -
--mismatch -
--mspi -
--multimatch -
--nono -
--noshortcuts -
--pair -
--pileup -
--regions -
--rpa -
--sam -
--singlematch -
--snps -
--snpsinreads -
--snpsonly -
--spancontigs -
--sqlite -
--uniqueness -
--variance -
--wobble -
--wobblemax