exonerate(1) on Linux
The text 35a8815bdc68, as Debian 8 (Jessie), Debian 7 (Wheezy) shipped it.
a generic tool for sequence comparison
Flags it lists
-
--alignmentwidth -
--annotation -
--bestn -
--bigseq -
--codongapextend -
--codongapopen -
--codonhspdropoff -
--codonhspthreshold -
--codonnwordlen -
--codonwordlimit -
--compiled -
--customserver -
--dnahspdropoff -
--dnahspthreshold -
--dnasubmat -
--dnawordlen -
--dnawordlimit -
--dpmemory -
--exhaustive -
--extensionthreshold -
--fastasuffix -
--forcegtag -
--forwardcoordinates -
--frameshift -
--fsmmemory -
--gapextend -
--gapopen -
--gappedextension -
--geneseed -
--geneseedrepeat -
--geneticcode -
--help -
--hspfilter -
--intronpenalty -
--joinfilter -
--maxintron -
--maxner -
--minintron -
--minner -
--neropen -
--percent -
--proteinhspdropoff -
--proteinhspthreshold -
--proteinsubmat -
--proteinwordlen -
--proteinwordlimit -
--quality -
--query -
--querychunkid -
--querychunktotal -
--refine -
--refineboundary -
--ryo -
--saturatethreshold -
--score -
--seedrepeat -
--shorthelp -
--showalignment -
--showcigar -
--showquerygff -
--showsugar -
--showtargetgff -
--showvulgar -
--singlepass -
--softmaskquery -
--softmasktarget -
--spanrangeext -
--splice3 -
--splice5 -
--subopt -
--target -
--targetchunkid -
--targetchunktotal -
--useaatla -
--useworddropoff -
--verbose -
--version -
--wordjump -
-B -
-C -
-D -
-E -
-M -
-S -
-V -
-W -
-d -
-e -
-f -
-g -
-h -
-i -
-n -
-o -
-p -
-q -
-s -
-t -
-v -
-w -
-x