diamond(1) on Linux
The text c0e95c59cbe7, as Debian 11 (Bullseye) shipped it.
accelerated BLAST compatible local sequence aligner
Flags it lists
-
--K -
--band -
--block-size -
--comp-based-stats -
--compress -
--custom-matrix -
--daa -
--db -
--dbsize -
--evalue -
--fetch-size -
--forwardonly -
--freq-sd -
--gapextend -
--gapopen -
--gapped-xdrop -
--hit-band -
--hit-score -
--id -
--id2 -
--in -
--index-chunks -
--index-mode -
--lambda -
--log -
--matrix -
--max-hsps -
--max-target-seqs -
--min-orf -
--min-score -
--more-sensitive -
--no-auto-append -
--no-self-hits -
--out -
--outfmt -
--query -
--query-cover -
--query-gencode -
--quiet -
--rank-factor -
--rank-ratio -
--salltitles -
--seg -
--sensitive -
--seq -
--shape-mask -
--shapes -
--subject-cover -
--target-fetch-size -
--threads -
--tmpdir -
--top -
--un -
--unal -
--ungapped-score -
--verbose -
--window -
--xdrop