cmtk-registrationx(1) on Linux
The text ffcc37676d6a, as Debian 8 (Jessie) shipped it.
Rigid and affine registration
Flags it lists
-
--auto-multi-levels -
--automatic -
--class-flt -
--class-ref -
--coarsest -
--com -
--cosine-sinc -
--cr -
--crop-index-flt -
--crop-index-ref -
--crop-thresh-flt -
--crop-thresh-ref -
--crop-world-flt -
--crop-world-ref -
--cubic -
--db -
--delta-f-threshold -
--dofs -
--dofs-final -
--echo -
--force-outside-value -
--fov -
--help -
--help-all -
--histogram-equalization-flt -
--histogram-equalization-ref -
--init -
--initial -
--initial-is-inverse -
--interpolation -
--linear -
--man -
--match-histograms -
--max-stepsize -
--median-filter-radius-flt -
--median-filter-radius-ref -
--mi -
--min-stepsize -
--msd -
--ncc -
--nearest-neighbor -
--nmi -
--none -
--omit-original-data -
--output -
--pad-flt -
--pad-ref -
--partial-volume -
--pax -
--physical -
--prune-histogram-flt -
--prune-histogram-ref -
--registration-metric -
--restrict-in-plane -
--rms -
--sampling -
--sobel-filter-flt -
--sobel-filter-ref -
--stepfactor -
--symmetric -
--threads -
--thresh-max-flt -
--thresh-max-ref -
--thresh-min-flt -
--thresh-min-ref -
--verbose -
--verbose-level -
--version -
--wiki -
--write-itk -
--write-matrix -
--write-parameters -
--write-protocol -
--write-reformatted -
--write-time -
--xml -
--xy -
--xz -
--yz -
-o -
-s -
-v