cmsearch(1) on Linux
The text dbd967ef21e7, as Debian 7 (Wheezy), Debian 6.0 (Squeeze) shipped it.
Flags it lists
-
--aln-hbanded -
--aln-optacc -
--bottomonly -
--cyk -
--devhelp -
--dna -
--fil-A-hmm -
--fil-beta -
--fil-no-hmm -
--fil-no-qdb -
--forward -
--ga -
--hbanded -
--inside -
--mpi -
--nc -
--no-qdb -
--noalign -
--rna -
--tc -
--toponly -
--viterbi -
-h -
-p -
-v -
-x