cmalign(1) on Linux
The text 2ab7cdd6185f, as Debian 7 (Wheezy), Debian 6.0 (Squeeze) shipped it.
Flags it lists
-
--cyk -
--devhelp -
--dna -
--fins -
--hbanded -
--matchonly -
--merge -
--mpi -
--nonbanded -
--onepost -
--optacc -
--resonly -
--rf -
--rna -
--sample -
--small -
--sub -
--viterbi -
--withpknots -
-1 -
-h -
-l -
-p -
-q