bowtie(1) on Linux
The text 5bd91ab99d41, as Debian 8 (Jessie) shipped it.
ultrafast memory-efficient short read aligner
Flags it lists
-
--al -
--best -
--chunkmbs -
--col-cqual -
--col-cseq -
--col-keepends -
--fullref -
--integer-quals -
--large-index -
--mapq -
--max -
--maxbts -
--mm -
--nomaqround -
--pairtries -
--phred33-quals -
--phred64-quals -
--quiet -
--refidx -
--refout -
--sam-RG -
--sam-nohead -
--sam-nosq -
--seed -
--shmem -
--snpfrac -
--snpphred -
--solexa-quals -
--solexa1.3-quals -
--strata -
--suppress -
--un -
--verbose -
--version -
-C -
-M -
-c -
-f -
-k -
-m -
-q -
-r -
-v