bcftools(1) on Linux
The text 4d20c3e0207e, as Debian 12 (Bookworm) shipped it.
utilities for variant calling and manipulating VCFs and BCFs.
Flags it lists
-
--1st-allele-only -
--3N6 -
--AF-file -
--BAF-dev -
--BAF-weight -
--IndelGap -
--LRR-smooth-win -
--LRR-weight -
--SnpGap -
--aberrant -
--absent -
--all -
--allow-overlaps -
--allow-undef-tags -
--annotations -
--apply-filters -
--atomize -
--chain -
--chromosome-X -
--chromosome-Y -
--collapse -
--columns -
--columns-file -
--compact-PS -
--complement -
--consensus-caller -
--constrain -
--control-sample -
--count-orphans -
--csi -
--custom-tag -
--debug -
--distinctive-sites -
--do-not-normalize -
--drop-genotypes -
--dry-run -
--err-prob -
--error-probability -
--exclude -
--exclude-phased -
--exclude-private -
--exclude-uncalled -
--fasta-ref -
--file-list -
--force -
--force-samples -
--format-fields -
--full-BAQ -
--genotypes -
--gff-annot -
--group-samples -
--gvcf -
--gvcf2vcf -
--haploid2diploid -
--haplotype -
--header -
--header-lines -
--header-only -
--help -
--homs-only -
--ignore-RG -
--ignore-overlaps -
--illumina1.3+ -
--include -
--include-aa -
--insert-missed -
--iupac-codes -
--keep-alts -
--keep-masked-ref -
--keep-sites -
--known -
--ligate -
--ligate-force -
--ligate-warn -
--list-plugins -
--list-samples -
--local-csq -
--ls -
--lu -
--mark-del -
--mark-ins -
--mark-sites -
--mark-snv -
--mask -
--mask-file -
--mask-overlap -
--mask-with -
--merge -
--merge-logic -
--min-PQ -
--min-overlap -
--min-shift -
--missing -
--missing-to-ref -
--mode -
--multiallelic-caller -
--mwu-u -
--n-matches -
--naive -
--naive-force -
--ncsq -
--no-BAQ -
--no-HWE-prob -
--no-PDF -
--no-header -
--no-index -
--no-reference -
--no-update -
--no-version -
--novel -
--novel-rate -
--nrecords -
--ns -
--nu -
--optimize -
--output -
--output-dir -
--output-type -
--pair-logic -
--pairs -
--pairs-file -
--per-sample-mF -
--phase -
--phased -
--ploidy -
--ploidy-file -
--plot-threshold -
--print-header -
--prior -
--prior-freqs -
--private -
--pval-threshold -
--query-sample -
--quiet -
--rasterize -
--records -
--redo-BAQ -
--regions -
--regions-file -
--regions-overlap -
--remove -
--remove-duplicates -
--rename-annots -
--rename-chrs -
--rm-dups -
--same-prob -
--sample -
--sample-names -
--samples -
--samples-file -
--set-GTs -
--set-id -
--sex -
--single-overlaps -
--skip-all-set -
--skip-all-unset -
--skip-any-set -
--skip-any-unset -
--skip-indels -
--skip-variants -
--soft-filter -
--split-by-ID -
--stats -
--strict-filter -
--tag -
--targets -
--targets-file -
--targets-overlap -
--tbi -
--threads -
--trim-alt-alleles -
--trim-protein-seq -
--tsv2vcf -
--uncalled -
--use -
--variants-only -
--vcf-ids -
--vectors -
--verbose -
--version -
--with-header -
--xy-prob -
-0 -
-1 -
-6 -
-A -
-B -
-C -
-D -
-E -
-F -
-G -
-H -
-I -
-L -
-M -
-N -
-O -
-P -
-R -
-S -
-T -
-U -
-V -
-X -
-Y -
-a -
-b -
-c -
-d -
-e -
-f -
-g -
-h -
-i -
-k -
-l -
-m -
-n -
-o -
-p -
-q -
-r -
-s -
-t -
-u -
-v -
-x