abpoa(1) on Linux
The text dc60c3ee9d7a, as Debian 12 (Bookworm) shipped it.
adaptive banded Partial Order Alignment
Flags it lists
-
--aln-mode -
--amb-strand -
--amino-acid -
--extra-b -
--extra-f -
--gap-ext -
--help -
--in-list -
--incrmnt -
--k-mer -
--match -
--matrix -
--maxnum-cons -
--min-freq -
--min-poa-win -
--mismatch -
--out-pog -
--output -
--progressive -
--result -
--seeding -
--use-qual-weight -
--version -
--window -
-E -
-M -
-Q -
-S -
-X -
-b -
-c -
-d -
-f -
-g -
-h -
-i -
-k -
-l -
-m -
-n -
-o -
-p -
-q -
-r -
-s -
-t -
-v -
-w